Cauza exacta a acalaziei nu este pe deplin inteleasa, dar se crede ca este rezultatul unei combinatii de factori, inclusiv factori genetici si dezechilibre in sistemul nervos care controleaza contractiile musculare ale esofagului. In mod normal, celulele nervoase din esofag si din sfincterul esofagian inferior transmit semnale pentru a coordona relaxarea si contractarea corecta a muschilor. In cazul acalaziei, aceste semnale nu sunt transmise corespunzator, ceea ce duce la relaxarea incompleta a sfincterului si la dificultatea alimentelor de a trece in stomac.