Cauza exacta a acalaziei nu este pe deplin inteleasa, dar se crede ca este rezultatul unei combinatii de factori, inclusiv factori genetici si dezechilibre in sistemul nervos care controleaza contractiile musculare ale esofagului. In mod normal, celulele nervoase din esofag si din sfincterul esofagian inferior transmit semnale pentru a coordona relaxarea si contractarea corecta a muschilor. In cazul acalaziei, aceste semnale nu sunt transmise corespunzator, ceea ce duce la relaxarea incompleta a sfincterului si la dificultatea alimentelor de a trece in stomac.

Acalazia cardiei reprezinta o disfunctie a sfincterului esofagian inferior, un inel muscular situat la intersectia esofagului cu stomacul. In mod normal, acest sfincter se relaxeaza pentru a permite alimentelor sa treaca din esofag in stomac, insa in cazul acalaziei, el nu se deschide suficient. Aceasta incapacitate de relaxare perturba tranzitul alimentar normal, provocand acumularea mancarii in esofag. Esofagul, un tub fibromuscular de aproximativ 25 de centimetri, serveste ca canal de transport al alimentelor de la nivelul gatului pana la stomac. La intrarea in stomac, esofagul se termina cu o structura numita cardia, unde se gaseste sfincterul esofagian inferior.