Organismul are nevoie de un mediu alcalin, esențial pentru supraviețuirea în stomac a bacteriei, sub bariera mucoasei. Când PH-ul este dezechilibrat dintr-o varie de factori, apare interacțiunea dintre gazdă și inflamația mucoasei datorită Helicobacter pylori, iar acest aspect poate fi determinat într-o oarecare măsură pe fond genetic și poate influența prognosticul ulcerului peptic.