Organismul are nevoie de un mediu alcalin, esențial pentru supraviețuirea în stomac a bacteriei, sub bariera mucoasei. Când PH-ul este dezechilibrat dintr-o varie de factori, apare interacțiunea dintre gazdă și inflamația mucoasei datorită Helicobacter pylori, iar acest aspect poate fi determinat într-o oarecare măsură pe fond genetic și poate influența prognosticul ulcerului peptic. 

Duodenul este prima parte a intestinului subtire, cu care se continua stomacul. Hrana partial digerata care ajunge in duoden contine mult acid clorhidric iar aici aciditatea este neutralizata de secretiile proprii ale duodenului si de actiunea bilei si a sucurilor pancreatice.